Berlin leży w północno-wschodniej częœci Niemiec. Położony jest nad rzeką Szprewą i Hawelą oraz ich dopływami. Rzeka Szprewa w dzielnicy Spandau wpada do Haweli, prawego dopływu Łaby. Berlin znajduje się między płaskowyżami Barnim i Teltow. Leży około 70 kilometrów od granicy z Polską Największa długoœć miasta w kierunku wschodnio-zachodnim wynosi około 45 km, największa długoœć w kierunku północno-południowym wynosi około 38 km. Najwyższe wzniesienie ma wysokoœć 115,4 m n.p.m., natomiast najniższy punkt leży na wysokoœci 32 m n.p.m.

Miasto podzielone jest na 12 dzielnic (niem. Bezirk), dzielących się dalej na "poddzielnice" (niem. Ortsteile czyli częœci miasta). Ten podział istnieje od 1 stycznia 2001 roku, kiedy to w wyniku reformy administracyjnej zmniejszono liczbę dzielnic z 23 do 12 w celu obniżenia kosztów. Każdy Bezirk ma oddzielny samorząd i prawa zbliżone do praw miejskich.